第一阶段是从上世纪90年代到90年代末，是上海国际航运中心建设的体制推动阶段。这一阶段主要是配合上海浦东开放开发以及上海尽快建成长江流域经济发展的龙头和国际经济中心、金融中心和贸易中心要求，对上海国际航运中心的建设提上议事日程，并从中央和上海层面提出多项构想和安排。早在
第二阶段是从中国入世前后到2008年金融危机全面爆发前，是上海国际航运中心建设的市场推动阶段。中国入世全面参与全球化的发展无疑是中国经济发展的重大事件，上海以及长三角的外资、外贸经济都领先于全国的发展，随着中国在世界贸易大国中的地位逐步上升到第三位、GDP总量全球第二，上海的航运事业发展也进入了一轮高潮，2005年上海港成为世界第一大货运港，2007、2008年上海港集装箱吞吐量连续世界第二。尽管在这一阶段，洋山深水港一期开工建设并顺利开港，洋山保税港区成为我国第一个保税港区，长三角也开展区域“大通关”建设和设立16城市港口管理部门建立协调合作机制，但是真正推动上海国际航运中心建设主要来自中国“大进大出”的加工贸易模式和中国在世界生产体系中的位置所引发市场力量使然。当然在这一阶段长三角在航运中心建设的区域化分工和合作仍未得到有效解决，甚至港口之间的竞争愈演愈烈。
第三阶段是从2008年金融危机后到2020年，是上海国际航运中心建设的转型和升级阶段。2008年由美国次贷危机引爆的全球金融危机，也给全球的航运事业带来重大打击。如果说本次金融危机中有虚拟资产泡沫、信贷需求泡沫、生产过剩泡沫的话，国际航运业也同样经历了一次泡沫化发展的阶段。在2008年前，具有明显周期性特征的航运业走出低谷，快速持续发展了6年时间，成为航运业有史以来最长的一次繁荣期。但随着世界经济进入不景气的下降周期，国际贸易活动开始进入萎缩期，而与国际贸易流量相伴而生的国际航运业开始进入冬季，这从国际航运运价指数一路暴跌就可以反映出。在这样的背景下，国务院《意见》的提出，无疑对上海国际航运中心建设提出了更高的要求和目标，要求上海整合长三角港口资源，完善航运服务布局；探索建立国际航运发展综合试验区，积极稳妥发展航运金融服务和多种融资方式，促进和规范邮轮产业发展，成为具有全球航运资源配置能力的国际航运中心，实现上海国际航运中心的转型并承担服务全国的任务。
上海要实现国际航运中心的转型，成为具有全球航运资源配置能力的国际航运中心，必须要关注以下两点：
一是实现港口盈利和发展模式的提升，金融中心和航运中心建设形成合力。国际航运中心功能是一个递进的概念，其功能发展的轨迹随着世界经济和技术的进步与变化而发生相应的进步与变化，伦敦的经验告诉我们保持航运中心竞争力的关键是提升航运服务功能。与伦敦相类似，鹿特丹、奥斯陆、新加坡等一些世界级港口或航运公司集中的城市，近几年都已开始着力加强航运“软实力”建设，争取在“硬实力”优势衰退以前建成航运中心。这种转型反映的是港口从数量规模扩张为主转向了以质量效益为主。这次《意见》同时批复了上海国际金融中心和航运中心两个中心，不仅仅是一种巧合。历史发展证明金融中心和航运中心是相伴而生的，金融中心发展源于航运中心，航运中心发展离不开金融的支持。世界著名的五大国际航运中心纽约、伦敦、东京、新加坡和香港同时也都是著名国际金融中心。这些国际航运中心的金融业发展解决了航运公司和港口的资金困境，充分发挥了它在航运投资、融资、结算和海上保险中的作用，而运输生产本身也就是国际范围内资金流转的过程。因此，金融服务环境的完善为航运业发展提供金融保障。所以应该发挥上海建设国际金融中心和航运中心的合力，大力发展航运保险、租赁、信托等业务，建设航运服务聚集区。
二是真正打破长三角航运一体化发展的阻碍，实现长三角港口资源的顺利整合。国外港口的实践证明，港口资源整合能大大提升港口群的经济集聚和产业派生能力，使港口所在城市从被动型生产力布局转变为主动型生产力布局，从过去过分依赖内陆腹地资源转变为综合利用海内外资源，创造新的经济增长点和产业链。为了增强港群的整体竞争力，打破区域行政分割的不利影响，美日都曾专门成立专业的跨区域管理机构，尽管长三角地区早在1997年就成立了上海组合港管理委员会，但是国务院赋予上海组合港的职责没有较好发挥，而2006年9月签署的“长三角港口管理部门合作联席会议制度”也依旧缺乏有实质权力的运作机制。这次《意见》明确要求上海整合长三角港口资源、完善航运服务布局，从国家层面推动长三角航运一体化的发展，同时在金融危机时代江苏、浙江两省经济发展的进一步需求也将给长三角航运整合提供现实的条件和基础。
